Cơ quan tiến hành tố tụng cho rằng chiều tối ngày hôm đó, trong lúc chờ đợi chị Yên, chị Sổ xay xát rồi đến lượt mình, Long đã đi sang nhà cháu Yến, khi thấy cháu ở nhà một mình đã nảy sinh ý định phạm tội nên đã bắt, ôm, bịt miệng, rồi đưa cháu ra cánh đồng để thực hiện hành vi hiếp và giết cháu, sau đó quay trở lại quán xay xát như không có việc gì xảy ra.

Quan điểm kết tội dựa vào các chứng cứ:

1. Bị cáo đã đầu thú vào ngày 19/10/2005 về việc hiếp dâm bà Khuyến, chị Năm. Trong quá trình khai báo, bị cáo đã tự nguyện viết đơn đầu thú về việc hiếp giết cháu Yến. Bị cáo thừa nhận đã hiếp dâm mẹ con bà Khuyến và hiếp giết cháu Yến, đây là cơ sở chính.
2. Trong các bản hỏi cung và bản tự khai, bị cáo đã tự nguyện khai báo tỉ mỉ, cụ thể các hành vi phạm tội trong vụ án cháu Yến, bị cáo tự vẽ sơ đồ đường đi gây án mô tả cánh đồng nơi gây án. Lời khai của bị cáo phù hợp với biên bản khám nghiệm hiện trường, phù hợp với biên bản khám nghiệm tử thi, phù hợp với kết quả giám định.
3. Sau khi nhận tội, vì ân hận về việc làm của mình, Hàn Đức Long đề nghị Cơ quan điều tra cho được tự tay viết thư gửi chị Nguyễn Thị Mai là vợ Long và anh Nguyễn Đình Báu là bác ruột cháu Yến. Nội dung thư gửi chị Mai có đoạn viết: "Mai sang bảo anh Sơn chị Liễu bình tĩnh đừng nóng vội làm việc gì đó đáng tiếc xảy ra" (Bút lục 79); nội dung thư gửi anh Báu có đoạn viết: "Anh chót [trót] hãm hại cháu Yến con chú Sơn vào ngày 26/6/2005 anh đã thành khẩn khai báo với công an. Vậy anh mong chú xuống bảo vợ chồng chú Sơn không hành động những gì nóng quá để xảy ra những việc đáng tiếc. Anh ngàn lần xin các chú tha thứ cho anh…" (Bút lục 80, 81). Đồng thời Long đề nghị Cơ quan điều tra được gặp anh Báu để dàn xếp sự việc. Ngày 06/11/2005, trước mặt anh Nguyễn Đình Báu, Long thú nhận về việc đã hãm hại cháu Yến và mong anh tha thứ. Anh Báu đã cam kết sẽ không gây thù oán ảnh hưởng đến tính mạng, tài sản của gia đình Long (Bút lục 90).
4. Trước cáo buộc sử dụng nhục hình, Cơ quan điều tra khẳng định: Không có việc bị cáo bị ép viết theo lời điều tra viên đọc vì nhiều tình tiết trong vụ án chỉ có bị cáo biết như vấn đề xay xát gạo, thứ tự những người xay xát gạo, các tình tiết và hoạt động của Long trước, trong và sau khi gây án, v.v... Những vấn đề này chỉ bị cáo mới biết, điều tra viên không biết nên không ép bị cáo khai báo như vậy, do đó không có việc điều tra viên đọc cho bị cáo viết.